ОАО «Ленаэропроект» уже несколько лет осуществляет поэтапную реконструкцию зданий и сооружений в Аэропорту «Якутск», одном из крупнейших и наиболее перспективных авиаузлов Дальневосточного федерального округа. Согласно проектным решениям института в аэропорту  заменено искусственное покрытие взлетно-посадочной полосы, сдан в эксплуатацию грузовой терминал, установлено новое светосигнальное оборудование для взлета и посадок воздушных судов, сертифицированное по второй категории ИКАО. В ноябре 2008 года «Ленаэропроект» приступил к проектно-изыскательским работам по строительству  здания нового пассажирского терминала  с пропускной способностью 700 пассажиров в час.

Технологическая концепция строительства нового терминала основывается на современных требованиях ИКАО, предъявляемых к технологическому обслуживанию пассажиров и обработке багажа, к обеспечению авиационной безопасности в международных аэропортах и аэропортах федерального значения. Кроме того, модернизация аэровокзального комплекса, предусматривающая строительство нового пассажирского терминала, полностью соответствует задачам, определенным ФЦП «Модернизация транспортной системы России». Открытие  запланировано на 2012 год.
В результате реализации этого проекта аэропорт должен стать звеном будущего мультимодального узла, который возникнет в Якутске после расширения сети автодорог и открытия там железнодорожного сообщения.